El 16 de abril 2004 la Agencia Europea de Seguridad Alimentaria ha hecho públicas las conclusiones de su evaluación de los marcadores de resistencia a los antibióticos empleados en la manipulación genética de los cultivos, recomendando la retirada del mercado de todas aquellas variedades que contengan genes de resistencia a antibióticos utilizados en medicina y en veterinaria, como la ampicilina y la estreptomicina, y la eliminación total de los genes de resistencia a tetraciclinas y otros antibióticos de gran importancia en el tratamiento de determinadas enfermedades. Esta decisión de la Agencia refleja la preocupación por el riesgo para la salud humana que supone la posible transferencia de este tipo de resistencia a bacterias patógenas, manifestada desde hace años por instituciones de gran prestigio científico como la British Medical Association y denunciada reiteradamente por Ecologistas en Acción.

Según Ecologistas en Acción dado el grado de imprecisión de las tecnologías de ingeniería genética, durante el proceso de manipulación es todavía habitual la incorporación a las plantas de "genes marcadores", que actúan como "chivato" para facilitar la identificación y selección de las células transformadas que han adquirido el gen que interesaba agregar a la planta. Los marcadores más utilizados son los genes de resistencia a los antibióticos, similares a los de las bacterias que se han hecho resistentes a los tratamientos médicos de forma natural, y que pueden ser transferidos de las plantas transgénicas a las bacterias. Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), la proliferación de cepas bacterianas resistentes y el consiguiente recrudecimiento de enfermedades, como la tuberculosis y la malaria, supone actualmente un tremendo problema mundial de salud. Por ello desde la introducción en los mercados mundiales de variedades transgénicas a finales de los 90, la utilización de este tipo de marcadores ha sido una de las razones por las que el movimiento ecologista, consumidores y agricultores vienen reclamando su retirada del mercado.

El dictamen de la Agencia afecta muy directamente a España, país que ha sido pionero en el cultivo de variedades transgénicas en Europa y donde se han sembrado en los últimos años cerca de 30.000 hectáreas con variedades de maíz transgénicas, en su mayor parte portadoras de un gen de resistencia a la ampicilina. Según las recomendaciones de la Agencia, este tipo de variedades deberían retirarse del mercado por constituir un riesgo innecesario y de suficiente gravedad para la salud, que la sociedad no debería correr. Ecologistas en Acción se congratula de que la Agencia haya tenido en cuenta los numerosos informes que desde hace años venían alertando sobre este tipo de riesgos, y espera que el nuevo gobierno español tome las medidas preventivas adecuadas. La nueva normativa europea sobre liberación de organismos manipulados genéticamente requiere que las variedades con resistencia a antibióticos que pueden suponer un riesgo para la salud se retiren antes del 31 de diciembre, lo que puede suponer un grave problema para los agricultores españoles que hayan comprado semilla transgénica para la temporada actual.